NBS-nytt
12.09.2016
NBS-nytt ønsker i tiden fremover å gi en kort omtale av nye doktorgrader. Det er redaksjonsmedlemmene i de enkelte lokalforeninger som har ansvaret for å lage disse omtalene.
Vi håper at nye doktorander og deres veiledere bidrar med å sende informasjon (og gjerne bilde av doktoranden) til det lokale redaksjonsmedlem (listet på side 3 i bladet) Fanny Pélissier disputerte 9. mai 2016 ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "The Role of Age in Cellular Responses to Microenvironmental Cues as a Breast Cancer Susceptibility Factor". Arbeidet ble utført ved Institutt for Biomedisin og Lawrence Berkeley National Laboratory med James Lorens og Mark LaBarge som veiledere.
Den underliggende koblingen mellom alder og brystkreft er fortsatt uklar. Hos kjønnsmodne kvinner opprettholder stamcellene i brystepitelet homeostase i brystvevet og lager celler til nye melkeganger ved eventuelle svangerskap. Med økende alder forandres brystvevets oppbygning og påvirker adferden til disse stamcellene. Det er uvisst hvorfor og hvordan, men nyere forskning indikerer at cellenes lokalmiljø spiller en avgjørende rolle, og at forandringer der gjør brystvevet mer mottakelig for kreftutvikling. Pélissier har identifisert en ny reseptor, Axl, på overflaten av stamceller i brystepitelet. Axl reseptoren er viktig i vedlikehold av de viktige stamcellene i brystepitelet . Tidligere har forskningsgruppen vist at aggressive brystkreftceller også kan ha et høyt uttrykk av Axl reseptoren. Arbeidet etablerer dermed en hittil ukjent kobling mellom Axl uttrykk i brystvevets stamceller og aggressive kreftceller. Studien kaster videre lys over et nytt kjennetegn ved aldring; nemlig forandringen i de epiteliale stamcellene i brystvevet ved økende alder. Stamceller isolert fra eldre kvinner misoppfatter instrukser fra omgivelsene som vanligvis undertrykker kreftutvikling, noe som igjen øker risikoen for utvikling av brystkreft. Ved å se på tusenvis av brystceller isolert fra 44 kreftfrie kvinner av økende alder identifiserte vi de celletypene som forandres med alder og som dermed kan bidra til økt fare for brystkreftutvikling. Denne kunnskapen kan bidra til utvikling av brystkreftforebyggende tiltak, og identifiserer samtidig et lovende angrepspunkt for målrettet kreftbehandling av aggressive brystkreftsvulster.
Camilla Osberg disputerte 2. mai 2016 for doktorgraden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "The protein N-terminal acetyltransferase C (NatC) - Functional implications and evolutionary conservation". Arbeidet ble utført ved Molekylærbiologisk Institutt med Thomas Arnesen som hovedveileder.
Gjærtypen Saccharomyces cerevisiae ble i denne avhandlingen brukt som modellorganisme for å studere enzymkomplekset NatC. NatC er et medlem av NAT-enzymfamilien (NatA-NatG) og har som hovedoppgave å acetylere N-terminalen til bestemte proteiner i cellen. Dette blir regnet for å være en irreversibel modifisering da det enda ikke er blitt identifisert noen deacetyltransferase. Omtrent 80 % av alle proteiner i mennesket og over 50 % av gjærproteinene blir N-terminalt acetylert, men fremdeles er det uvisst hvorfor dette skjer i så stor grad og hvilken påvirkning det har på proteinene. Flere av NAT-ene har blitt vist å være koblet til ulike typer kreft samt Ogden syndromet der rammede guttebarn dør før de er to år. Det er altså svært viktig å studere NAT-ene, identifisere substratene deres og å finne ut hvorfor de fleste proteiner modifiseres på denne måten. Først undersøkte vi om N-terminal acetylering styrer NatC substratenes subcellulære lokalisering. Vi slettet den katalytiske subenheten til gjær NatC og detekterte et utvalg GFP-taggete substrater ved hjelp av fluorescensmikroskopi. Fra dette konkluderte vi at N-terminal acetylering ikke påvirker NatC substratenes subcellulære lokalisering generelt. Videre studerte vi den evolusjonære konserveringen av NatC mellom gjær og menneske. Vi fant ut at den humane katalytiske subenheten og den ribosombindende subenheten kan fungere sammen i gjær, men også i kombinasjon med gjær NatC subenheter. Ved hjelp av en proteomikk-basert metode identifiserte vi gjær NatC substrater og over halvparten av dem ble gjenkjent av humant NatC! Dette gjør at vi nå kan studere egenskapene til NatC i større grad samt viktigheten av enzymet.
Alexander Hellesen disputerte 4. mars 2016 ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "Immuno-endocrine interactions in autoimmune Addison's disease". Arbeidet ble utført ved Klinisk Institutt 2 med Eirik Bratland og Eystein S. Husebye som veiledere.
Pasientar med autoimmun Addisons sjukdom (AS) manglar evna til å produsere livsviktige hormon som kortisol og aldosteron. Dette skuldast at immunforsvaret går til selektivt angrep på og tek livet av dei hormonproduserande cellene i binyrebarken. Det er ikkje kjend kva som trigger og driv denne destruktive prosessen, men truleg beror utviklinga av AS seg på eit samspel mellom immunforsvaret, binyrebarken og ukjende miljøfaktorar. Målet med doktorgraden har difor vert å avdekke mekanismar som kan vere aktive under utvikling av AS. T celler som reagerer på proteinet 21-hydroksylase (21OH) i binyrebarken er truleg sentrale i destruksjonen av binyrebarken ved AS. Ved hjelp av dextramer-teknologi har Hellesen vist at pasientar med AS har høgare forekomst av T celler i blodet spesifikke for eit peptid av 21OH enn friske individ. Hos pasientane viste T cellene seg samtidig å reagere sterkare på 21OH peptidet, blant anna ved å skilje ut pro-inflammatoriske cytokiner. Dette underbygger teorien om at desse 21OH-reaktive T cellene er skadelege og involvert i sjukdomsutviklinga. Hellesen har vidare i sitt arbeid vist at binyrebarkceller har evne til å gjenkjenne strukturar som er assosiert med ei rekke virus og responderer på desse med å skilje ut spesifikke kjemokiner. Desse kjemokina viste seg samtidig å vere forhøga i blodet hos pasientar med AS, og var i stand til å tiltrekke seg 21OH-reaktive T celler fra immunforsvaret. Funna tyder såleis på at cellene i binyrebarken kan spele ei aktiv rolle i sin eigen undergang i AS ved å rekruttere skadelege celler. Studien viser òg at eksponering av binyrebarkceller for virus-assosiert RNA og interferoner vil kunne gjere binyrebarken ekstra sårbar for eit angrep fra immunforsvaret.
Juliane Wissuwa disputerte 25.mai 2016 ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "The Arctic Mid-Ocean Ridge Vent Fields - A valuable Resource for Marine Bioprospecting? ". Arbeidet ble utført ved Senter for Geobiologi med Ida Helene Steen, Runar Stokke, Hans Torstein Kleivdal and Rolf Birger Pedersen som veiledere.
Rundt varme kilder langs den arktiske midthavsryggen dannes det skorsteinstrukturer, såkalte "Black smokers" som spyr ut 320 graders mineralrikt vann. Bakteriene her livnærer seg på kjemiske forbindelser som hydrogengass, hydrogensulfid og metan som stammer fra jordens indre. Tross ekstreme levevilkår ser man et yrende liv av bakterier og dyr med en unik toleranse for slike forhold. Dette gjenspeiles i deres egenskaper og proteiner. Marin bioprospektering er innsamling av materiale fra havet for kategorisering og analyse til forskning og utvikling. Bakterier funnet i varme kilder langs den arktiske midthavsryggen og deres enzymer representerer unike og mulige verdifulle biologiske ressurser. Wissuwa har fokusert på glycoside hydrolaser (GHs) og mer spesifikt amylaser i GH13. Enzymene i denne gruppen er spesielt anvendbare i bakervarer, i papir- og tekstilindustrien, i næringsmiddelindustrien og for å produsere bioetanol. Nye termotolerante stivelsesnedbrytende bakterier er blitt isolert fra den arktiske midthavsryggen. PacBiogenomsekvensering og assembly identifiserte nye amylaser og andre enzymer av industriell relevans. I tillegg til
Gå til medietDen underliggende koblingen mellom alder og brystkreft er fortsatt uklar. Hos kjønnsmodne kvinner opprettholder stamcellene i brystepitelet homeostase i brystvevet og lager celler til nye melkeganger ved eventuelle svangerskap. Med økende alder forandres brystvevets oppbygning og påvirker adferden til disse stamcellene. Det er uvisst hvorfor og hvordan, men nyere forskning indikerer at cellenes lokalmiljø spiller en avgjørende rolle, og at forandringer der gjør brystvevet mer mottakelig for kreftutvikling. Pélissier har identifisert en ny reseptor, Axl, på overflaten av stamceller i brystepitelet. Axl reseptoren er viktig i vedlikehold av de viktige stamcellene i brystepitelet . Tidligere har forskningsgruppen vist at aggressive brystkreftceller også kan ha et høyt uttrykk av Axl reseptoren. Arbeidet etablerer dermed en hittil ukjent kobling mellom Axl uttrykk i brystvevets stamceller og aggressive kreftceller. Studien kaster videre lys over et nytt kjennetegn ved aldring; nemlig forandringen i de epiteliale stamcellene i brystvevet ved økende alder. Stamceller isolert fra eldre kvinner misoppfatter instrukser fra omgivelsene som vanligvis undertrykker kreftutvikling, noe som igjen øker risikoen for utvikling av brystkreft. Ved å se på tusenvis av brystceller isolert fra 44 kreftfrie kvinner av økende alder identifiserte vi de celletypene som forandres med alder og som dermed kan bidra til økt fare for brystkreftutvikling. Denne kunnskapen kan bidra til utvikling av brystkreftforebyggende tiltak, og identifiserer samtidig et lovende angrepspunkt for målrettet kreftbehandling av aggressive brystkreftsvulster.
Camilla Osberg disputerte 2. mai 2016 for doktorgraden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "The protein N-terminal acetyltransferase C (NatC) - Functional implications and evolutionary conservation". Arbeidet ble utført ved Molekylærbiologisk Institutt med Thomas Arnesen som hovedveileder.
Gjærtypen Saccharomyces cerevisiae ble i denne avhandlingen brukt som modellorganisme for å studere enzymkomplekset NatC. NatC er et medlem av NAT-enzymfamilien (NatA-NatG) og har som hovedoppgave å acetylere N-terminalen til bestemte proteiner i cellen. Dette blir regnet for å være en irreversibel modifisering da det enda ikke er blitt identifisert noen deacetyltransferase. Omtrent 80 % av alle proteiner i mennesket og over 50 % av gjærproteinene blir N-terminalt acetylert, men fremdeles er det uvisst hvorfor dette skjer i så stor grad og hvilken påvirkning det har på proteinene. Flere av NAT-ene har blitt vist å være koblet til ulike typer kreft samt Ogden syndromet der rammede guttebarn dør før de er to år. Det er altså svært viktig å studere NAT-ene, identifisere substratene deres og å finne ut hvorfor de fleste proteiner modifiseres på denne måten. Først undersøkte vi om N-terminal acetylering styrer NatC substratenes subcellulære lokalisering. Vi slettet den katalytiske subenheten til gjær NatC og detekterte et utvalg GFP-taggete substrater ved hjelp av fluorescensmikroskopi. Fra dette konkluderte vi at N-terminal acetylering ikke påvirker NatC substratenes subcellulære lokalisering generelt. Videre studerte vi den evolusjonære konserveringen av NatC mellom gjær og menneske. Vi fant ut at den humane katalytiske subenheten og den ribosombindende subenheten kan fungere sammen i gjær, men også i kombinasjon med gjær NatC subenheter. Ved hjelp av en proteomikk-basert metode identifiserte vi gjær NatC substrater og over halvparten av dem ble gjenkjent av humant NatC! Dette gjør at vi nå kan studere egenskapene til NatC i større grad samt viktigheten av enzymet.
Alexander Hellesen disputerte 4. mars 2016 ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "Immuno-endocrine interactions in autoimmune Addison's disease". Arbeidet ble utført ved Klinisk Institutt 2 med Eirik Bratland og Eystein S. Husebye som veiledere.
Pasientar med autoimmun Addisons sjukdom (AS) manglar evna til å produsere livsviktige hormon som kortisol og aldosteron. Dette skuldast at immunforsvaret går til selektivt angrep på og tek livet av dei hormonproduserande cellene i binyrebarken. Det er ikkje kjend kva som trigger og driv denne destruktive prosessen, men truleg beror utviklinga av AS seg på eit samspel mellom immunforsvaret, binyrebarken og ukjende miljøfaktorar. Målet med doktorgraden har difor vert å avdekke mekanismar som kan vere aktive under utvikling av AS. T celler som reagerer på proteinet 21-hydroksylase (21OH) i binyrebarken er truleg sentrale i destruksjonen av binyrebarken ved AS. Ved hjelp av dextramer-teknologi har Hellesen vist at pasientar med AS har høgare forekomst av T celler i blodet spesifikke for eit peptid av 21OH enn friske individ. Hos pasientane viste T cellene seg samtidig å reagere sterkare på 21OH peptidet, blant anna ved å skilje ut pro-inflammatoriske cytokiner. Dette underbygger teorien om at desse 21OH-reaktive T cellene er skadelege og involvert i sjukdomsutviklinga. Hellesen har vidare i sitt arbeid vist at binyrebarkceller har evne til å gjenkjenne strukturar som er assosiert med ei rekke virus og responderer på desse med å skilje ut spesifikke kjemokiner. Desse kjemokina viste seg samtidig å vere forhøga i blodet hos pasientar med AS, og var i stand til å tiltrekke seg 21OH-reaktive T celler fra immunforsvaret. Funna tyder såleis på at cellene i binyrebarken kan spele ei aktiv rolle i sin eigen undergang i AS ved å rekruttere skadelege celler. Studien viser òg at eksponering av binyrebarkceller for virus-assosiert RNA og interferoner vil kunne gjere binyrebarken ekstra sårbar for eit angrep fra immunforsvaret.
Juliane Wissuwa disputerte 25.mai 2016 ved Universitetet i Bergen med avhandlingen "The Arctic Mid-Ocean Ridge Vent Fields - A valuable Resource for Marine Bioprospecting? ". Arbeidet ble utført ved Senter for Geobiologi med Ida Helene Steen, Runar Stokke, Hans Torstein Kleivdal and Rolf Birger Pedersen som veiledere.
Rundt varme kilder langs den arktiske midthavsryggen dannes det skorsteinstrukturer, såkalte "Black smokers" som spyr ut 320 graders mineralrikt vann. Bakteriene her livnærer seg på kjemiske forbindelser som hydrogengass, hydrogensulfid og metan som stammer fra jordens indre. Tross ekstreme levevilkår ser man et yrende liv av bakterier og dyr med en unik toleranse for slike forhold. Dette gjenspeiles i deres egenskaper og proteiner. Marin bioprospektering er innsamling av materiale fra havet for kategorisering og analyse til forskning og utvikling. Bakterier funnet i varme kilder langs den arktiske midthavsryggen og deres enzymer representerer unike og mulige verdifulle biologiske ressurser. Wissuwa har fokusert på glycoside hydrolaser (GHs) og mer spesifikt amylaser i GH13. Enzymene i denne gruppen er spesielt anvendbare i bakervarer, i papir- og tekstilindustrien, i næringsmiddelindustrien og for å produsere bioetanol. Nye termotolerante stivelsesnedbrytende bakterier er blitt isolert fra den arktiske midthavsryggen. PacBiogenomsekvensering og assembly identifiserte nye amylaser og andre enzymer av industriell relevans. I tillegg til
