Det er instituttlederne som er tettest på alle de problemstillingene og endringsprosessene som NTNU står overfor. Spørsmålet er imidlertid hvilke rammer de får for å håndtere utfordringene. Vivian Anette Lagesen og Siri Øyslebø Sørensen Ansatte ved NTNU
Steinar Stjernø, strukturreformens «far», pekte på flere utfordringer: Hvordan binde sammen universiteter med stor geografisk avstand, hvordan balansere faglig konsentrasjon med lokale hensyn, hvordan håndtere strukturelle konflikter og kulturforskjeller mellom «nye» og «gamle» universiteter, og ikke minst hvordan møte utviklingen med byråkratisering og større avstand mellom ansatte og ledere.
En følgeevaluering av NTNU-fusjonenfastslår at NTNU står foran store utfordringer for å nå målene med reformen som å forene forskjellige organisasjons- og fagkulturer, håndtere forskjeller når det gjelder arbeidsbetingelser og styrke ansattes medvirkning. Det er med andre ord stor enighet om utfordringene fremover, i sektoren og ved NTNU.
Det virker også som om topplederne i sektoren er enige om hvordan utfordringene skal håndteres. I debatten på konferansen pekte rektorene Dag Rune
