Krigsutbruddet i mai 1998 kom som en overraskelse både på lokalbefolkningen så vel som internasjonale observatører. Eritreas frigjøring fra Etiopia bare fem år tidligere i 1993 skulle for all tid bilegge fiendskapet mellom de to landene. Årsakene til krigsutbruddet er komplekse, og forankres i ideologi, historie, økonomi, og en politisk hegemonisk maktkamp mellom lederne av de to frigjøringsfrontene EPLF og TPLF: President Isaias Afwerki av Eritrea og tidligere statsminister Meles Zenawi av Etiopia.
Den direkte utløsende faktor var Eritreas lansering av sin nye valuta (Nakfa) i november 1997 og Etiopias respons med å innføre et nytt formelt bilateralt handelsregime, som deriblant innebefattet nye valutaforskrifter og toll og avgifter for bilateral handel. Etiopia ønsket med det å separere eritreisk økonomi fra den etiopiske, for å forhindre at landet tok fordel av og «snyltet» på Etiopias økonomiske stabilitet og vekst. Eritrea avviste Etiopias forsøk på å formalisere handelsforbindelsene som ville medføre store økonomisk tap for Eritrea.
Afrikas blodigste krig
Snart etter at Etiopia på vårparten i 1998 begynte å innføre begrensinger på grensehandelen mellom landene, invaderte Eritrea grenseområdet Badme og andre frontavsnitt og med det startet Afrikas blodigste bilaterale krig.
Den aktive krigføringen mellom landene ble utkjempet gjennom tre intensive offensiver over en periode på to år. Anslåtte tapstall er ca 150.000 soldater, de aller fleste på etiopisk side siden de måtte kjempe tilbake landområder befestet av eritreiske styrker. Under den siste offensiven på vårparten 2000 kollapset de eritreiske forsvarslinjene og etiopiske styrker la taktisk beslag på store eritreiske landområde, men stoppet fremrykkingen når det var klart at Eritrea hadde tapt krigen.
En våpenhvile avtale ble inngått i juni 2000 før en omfattende fredsavtale ble forhandlet frem og undertegnet i Algier i desember 2000, med etterfølgende deployment av FN fredsbevarendestyrker i en demilitarisert sone langs grensen. Problemet med Algiers avtalen, som den er blitt kalt, er at den mer eller mindre alene fokuserer på de omstridde grenseområdene mellom landene og hvor
