Under borgerkrigen i Sri Lanka var biskop Rajappu Joseph en de de meget få som hadde direkte adgang til den politiske og militære ledelse i opprørsbevegelsen Tamil tigrene (LTTE). Hans kritikk av LTTEs bruk av barnesoldater satt ham i farlige situasjoner. Men det gjorde sannelig også hans kritikk av regjeringshærens bombing av sivile, sykehus og kirker.
I et av de siste intervjuer han gjorde før han ble rammet av et hjerneslag i 2015 sa han:
«Jeg har prioritert å omfavne og snakke om de drømmer og kamper som menneskene i mitt bispedømme - ja i hele Sri Lanka - har. I tråd med Jesu sin oppgave med å bringe godt nytt til fattige, snakker jeg om de forsvunne, de torturerte og drepte i fangenskap, de som har mistet sine hjem og sin åkerlapp. Hvis noen kaller dette "biskopen driver politi