Forskningsrådet har måttet tåle kritikk for å ha gitt alle statsråder terningkast utfra hvor godt de har ivaretatt rollen sin som forskningsminister for sitt departements sektor og ansvarsområde. Det såkalte sektorprinsippet fortjener mer oppmerksomhet og en egen debatt, men debatten i etterkant har handlet mest om hvor uavhengig Forskningsrådet kanvære.
Mange, ikke minst stemmer i autonomiens og frihetens høyborg, akademia, mener at Forskningsrådet som forvaltningsorgan eller direktorat ikke kan komme med vurderinger av sine overordnede departementer. Det er et forståelig synspunkt. Det samsvarer også med eksterne vurderinger av det norske forsknings- og innovasjonssystemet, som ofte peker på at det er krevende å gi råd oppover, og omtaler Forskningsrådet som en policy advisor from below. OECD har derfor i sin ferske evaluering av det norske forsknings- og innovasjonssystemet pekt på faren med at vi i Norge har et system for råd til politikkutformingen som alltid søker konsensus. De er redd dette blir for konserverende, og etterlyser mer nytenkning, eksperimentering ogdisrupsjon.
Forskningsrådet er organiser t som et forvaltningsorgan med særskilte fullmakter og med eget styre, i likhet
