Fagpressenytt

... universitet 2 Sykehuset Levanger, Helse Nord-Trøndelag 3 Senter for samisk helseforskning, Institutt for samfunnsmedisin, UiT Norges arktiske universitet 4 Institutt for samfunnsmedisin, UiT Norges arktiske universitet 5 HUNT senter for molekylær og klinisk epidemiologi, NTNU – Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet *Korresponderende forfatter: marit.nass@ntnu.no Innledning Kunnskap om hvordan kvaliteten på lagret DNA mulig endres over tid er avgjørende for god og pålitelig forskning. For å sikre pålitelighet og reproduserbarhet i DNA-baserte analyser er det nødvendig med validerte og optimaliserte prosedyrer, der høy kvalitet på ekstrahert DNA er en grunnleggende forutsetning for kvalitet i videre forskningsprosesser (1). For at ekstrahert DNA skal være egnet til omfattende og varierte analysepaneler, stilles det ofte krav til konsentrasjon, renhet og integritet. Tidligere studier har vist at DNA-kvalitet påvirkes av faktorer som lagringstid og lagringstemperatur før ekstrahering (2, 3), og at dette kan ha betydning for både utbytte og metyleringsstatus (2). For eksempel fant Towne og Devor at blodprøver som var oppbevart ved 4 °C ga betydelig høyere DNA-utbytte enn prøver lagret ved høyere temperatur (4), mens Madisen med flere viste til at fullblod lagret ved -70 °C ga bortimot tilsvarende DNA-utbytte som fra ferskt materiale (5). En oversiktsartikkel fra Matange med flere har også påpekt at ulike ekstraksjonsmetoder og håndtering av materialet
kan bidra til nedbrytningsgraden av DNA, mens dehydrering, som for eksempel ved frysetørring, kan redusere hydrolyse og derved bedre stabiliteten (6). Endringer i pH kan påvirke nedbrytningen, hvor en reduksjon fra pH 6 til 5 er vist å øke nedbrytningshastigheten vesentlig (7). Dette understreker betydningen av kontrollerte betingelser som pH og temperatur, og bruken av standardiserte buffere som Phosphate Buffered Saline (PBS) eller TrisEDTA (TE) for å sikre stabilitet av DNA (6).
Til tross for at det finnes flere studier som belyser betydningen av DNA-kvalitet i forskning, er det likevel få studier som har undersøkt vedvarende DNA-kvalitet etter lagring over flere tiår. Siden HUNT biobank oppbevarer ekstrahert DNA fra over 100 000 deltagere, og hvor det eldste materialet nå har vært lagret siden midten av 1990-tallet, har dette gitt en unik mulighet til å studere langtidsstabilitet (8). HUNT er en omfattende befolkningsbasert undersøkelse som i