I dette tilfellet er det realistisk å regne med at det ikke bare er KI, men samlebegrepet Karolinska folk tenker på når de vurderer universitetet, noe som også omfatter universitetssjukehuset med samme navn. Juridisk og økonomisk er dette to ulike institusjoner. Mens KI er et statlig universitet, er Karolinska Universitetssjukhuset (KS) drevet av länet. Samtidig finnes det, spesielt innen det medisinske toppsjiktet, et omfattende personalfellesskap. Mange professorer på KI er samtidig overleger eller har andre sjefsstillinger på sjukehuset. Det gjaldt også den italienske "stjernekirurgen" og gjesteprofessoren Paolo Macchiarini fram til hans fall. Kritikk som rammer en av institusjonene, vil derfor lett "smitte" over på bedømmelsen av den andre. Karolinska Universitetssjukhuset har bl.a. fått mye negativ oppmerksomhet