Den katolske kirka opprettet derfor universiteter for å gi den individuelle fornuften et sted der den kunne utfolde seg. Professorene bestemte selv pensum - og hva de forsket på. De som oppholdt seg ved universiteter, også studentene, hadde høy status og nøt godt av visse juridiske og økonomiske privilegier. Universitetene ble en fri/nøytral sone i samfunnet - en institusjon.
Det var ikke kirka som gjorde at vitenskapelig metode ikke så dagens lys i senmiddelalderen, men Aristoteles. Per Arne Bjørkum Professor II, NTNU/UiS
Man utdannet leger, jurister og teologer, men hovedoppdraget var å bidra til økt kunnskap om Gud. Det kan fortone seg som et snevert oppdrag, men det var to forskjellige veier til kunnskap om Gud: Bibelen («The Book of God») og Naturen («The Book of Nature»). Man var i grove trekk enige om arbeidsdelingen. De som studerte naturen, det vil si det Aristoteles (384-322 f.Kr) hadde skrevet om den, hadde stor frihet. Bibelen var nemlig ifølge Augustin (354-430 e.Kr.) ikke sett på som en lærebok om naturen.
De aller fleste studerte tekstene til Aristoteles før de gikk løs på sin profesjonsutdanning. Teologene var spesielt begeistret av logikken/syllogismen til Aristoteles. Gud var nemlig også logisk. Han var allmektig, men ikke selvmotsigende. Det var imidlertid tekster i Bibelen som kunne gi inntrykk av at han var det. Det måtte man rydde opp i. I den sammenheng var logikklæren til Aristoteles som sendt fra himmelen.
Logikken/fornuften hadde en vik